La Universidad Panamericana, nace en 1989, como una institución privada y laica, fundada en la ciudad de San Salvador. Su creación obedeció al interés de personas visionarias y altruistas, interesadas en ampliar la cobertura en materia de Educación Superior en el país, mediante la integración valores y acciones de convivencia social, encaminados a la promoción de los principios de la empresa, excelencia académica y ética profesional, acordes con la exigencia que demandan los nuevos tiempos.

En enero de 1990, inicia sus actividades académicas, en San Salvador; posteriormente se extienden en Ahuachapán, Metapán (Santa Ana), Sensuntepeque (Cabañas), La Unión; Lolotique (San Miguel), Sonsonate, Usulután y San Vicente. A partir de 1992, es nombrado Rector de la Universidad Panamericana, el Licenciado y Doctor Honoris Causa, Oscar Armando Morán Folgar (quien aún continúa en el cargo), basado en el compromiso de alcanzar las metas que rigen el quehacer de nuestra comunidad universitaria.

En 1995, entra en vigencia la Ley de Educación Superior, que genera cambios en la administración de todas las instituciones de educación superior, al convertirlas, de sociedades anónimas, a Corporaciones de Utilidad Pública, sin fines de lucro. En el marco de la aplicación de esa Ley, se constituye una nueva administración de la Universidad, que decidió concentrar sus esfuerzos únicamente en San Salvador, Ahuachapán y San Vicente.

En 2002, la Universidad redefine su Misión, basado en el espíritu de la Formación de profesionales integrales con excelencia académica, comprometidos en la construcción de una sociedad más equitativa, justa y humana, altamente responsables ante los desafíos que plantea el desarrollo del país, la región y el mundo. En este marco, sus autoridades se esfuerzan por la búsqueda de la mejora continua y de la calidad de la gestión académica y administrativa, a partir de tres funciones principales: Docencia, Investigación y Proyección Social.

El 17 de febrero de 2015, el Centro Regional de Ahuachapán ya cuenta con su propio campus Universitario.

La UPAN cuenta actualmente con tres Facultades, Ciencias y Humanidades, Ciencias Económicas y Jurisprudencia, con un equipo de profesionales dedicados a ofrecer a la sociedad salvadoreña, una educación superior desde la perspectiva del humanismo, la calidad y la equidad.

La Universidad, además, es miembro fundador del Consejo Nacional de Rectores de El Salvador (CONARES), desde el año 2007, según Acuerdo Ejecutivo N° 0037 de fecha 12 de abril de 2007; publicado en el Diario Oficial N° 73, Tomo 375, de fecha 23 de abril de 2007.

El lema de la Universidad, es “Educación, Ciencia y Cultura”; el cual se inserta dentro de su bandera, alrededor de un libro, como fuente del conocimiento y el sol de nuevo amanecer. El nombre de la Universidad y sus siglas, enmarcando un mapa del Continente Americano en color amarillo sobre fondo azul que connota el ideal del panamericanismo en América, pero sobre todo en América del Sur para proyectarse, paulatinamente hacia Centroamérica y América del Norte.