La Universidad Panamericana de El Salvador, nace en 1989 como una corporación de utilidad pública, sin fines de lucro, es una institución privada y laica. Sitúa su domicilio en la ciudad de San Salvador. La universidad inició sus actividades académicas en enero de 1990, con una Sede Central, en San Salvador y un Centro Regional en Ahuachapán.
En 1991 se crearon los Centros Regionales de Metapán, Sensuntepeque, y La Unión. En 1993, nacieron los Centros Regionales de Lolotique y Sonsonate. En 1995 surge la sede de San Vicente, ese mismo año, la UPAN obtuvo su personería jurídica, según el Acuerdo 2432 del Ministerio de Educación y acuerdo 144 del Ministerio del Interior, publicados en el Diario Oficial No. 148 tomo 307, con fecha 19 de junio de 1990.
Desde el año 1997, la Universidad modificó sus Estatutos y reorientó su estructura orgánica y se estableció únicamente en tres lugares: San Vicente, Ahuachapán y San Salvador. Los nuevos Estatutos fueron aprobados según Acuerdo No. 15-1125 del 1 de septiembre de 2005, publicados en el Diario Oficial No. 196, Tomo 369, del 21 de octubre de 2005 en cumplimiento a la Ley de Educación Superior vigente.